In de Conference League werkt het allemaal net even anders. In dit toernooi spelen de 36 clubs geen acht, maar zes wedstrijden in de competitiefase. Daarom zijn de clubs verdeeld in zes potten van zes, Ajax en FC Twente treffen uit elke pot één tegenstander en spelen drie thuis- en drie uitwedstrijden. Zo ziet de potindeling, gebaseerd op de Europese clubcoëfficiënt, eruit:
Pot 1
Atalanta (ITA)
SC Braga (POR)
Ajax (NED)
SC Freiburg (DUI)
Benfica (POR)
FC Kopenhagen (DEN)
Pot 2
FC Midtjylland (DEN)
Rode Ster Belgrado (SER)
KRC Genk (BEL)
Panathinaikos (GRI)
Pafos FC (CYP)
Brighton & Hove Albion (ENG)
Pot 3
FC Lugano (ZWI)
Getafe (SPA)
KuPS Kuopio (FIN)
FC Twente (NED)
Bodø/Glimt (NOO)
Sint-Truiden (BEL)
Pot 4
Lincoln Red Imps (GIB)
SK Brann (NOO)
Heart of Midlothian (SCO)
Kairat Almaty (KAZ)
Trabzonspor (TUR)
Universitatea Craiova (ROE)
Pot 5
Riga FC (LET)
Hajduk Split (KRO)
FK Jablonec (TSJ)
AGF Aarhus (DEN)
FC Nordsjælland (DEN)
Inter Club d'Escaldes (AND)
Pot 6
FC Thun (ZWI)
CSKA Sofia (BUL)
Kauno Žalgiris (LIT)
Mjällby AIF (ZWE)
Iberia 1999 (GEO)
Egnatia (ALB)